כביש אגרה משמש נתיב נסיעה חלופי לכבישים הקיימים. מטרתו לשפר את הנגישות ממקום למקום. הוא כביש נוח יותר, זורם יותר , מהיר יותר בעל רמת בטיחות גבוהה. הכביש מציע את שרותיו לנהג בתמורה לתשלום ככל ספק שרות אחר, ומאופיין ברמת שרות ותחזוקה גבוהים. כביש מס' 6 מחולק ל- 9 קטעי אגרה. אורכו של כל קטע הינו בין 10-9 ק"מ . הכביש מצוייד במערכת אגרה אלקטרונית מתוחכמת. תהליך הגבייה מבוצע באופן אוטומטי ללא צורך בעצירה בכניסה לכביש, במעבר בין קטעי הכביש השונים או ביציאה ממנו, וזאת על מנת לאפשר זרימה פתוחה ושוטפת של התנועה.

לנהג מוצעות שתי שיטות גבייה שונות:

גבייה לבעלי משיב אלקטרוני חכם ( פסקל ):

בעלי משיב אלקטרוני מוגדרים "משתמשים קבועים". כנגד פיקדון שיוחזר עם החזרת המשיב, יקבל הנהג משיב אלקטרוני ויתקין אותו על שמשת הרכב הקדמית. המשיב מתקשר עם המערכת האלקטרונית, הממוקמת על כל גשרון אגרה לאורך הכביש. המשיב שהינו מעין תעודת זהות של הרכב יידע לאפיין את סוג הרכב והמרחק שעבר. החשבון נגבה באמצעות הוראת קבע והעתקו נשלח ישירות לביתו של בעל הרכב כנהוג אצל ספקי שרות אחרים.

גבייה באמצעות צילום הרכב:

השיטה נועדה לבעלי רכב מזדמנים שאין ברשותם משיב אלקטרוני. צילום לוחית הרישוי של הרכב מתבצעת עם כניסתו ויציאתו מהכביש ללא צורך בעצירה. פרטיו של בעל הרכב מתקבלים במערכת החיוב של כביש 6 היישר מאגף הרישוי במשרד התחבורה ובהתאם לחוק כביש האגרה שעבר בכנסת. חשבון לתשלום נשלח ישירות לביתו של הנהג או נגבה באופן אוטומטי מחשבון הבנק, על פי בחירתו.